Genetische manipulatie van landbouwhuisdieren vindt (nog) niet op grote schaal plaats. Het dichtst bij commercialisatie is een snelgroeiende gentechzalm van het Amerikaanse bedrijf AquaBounty. De gezondheid van de zalm zelf is niet terdege onderzocht, terwijl bij andere gentechvissen diverse afwijkingen gevonden zijn. Ook zijn de gevolgen van consumptie van de zalm niet onderzocht. Deze zalmen zijn steriel gemaakt om te voorkomen dat ze bij ontsnapping uit de kwekerij kruisen met wilde zalm, wat grote invloed op de wilde populatie kan hebben. De sterilisatie is echter niet volmaakt: 5% van de exemplaren zijn toch vruchtbaar.
Sommige manipulaties bij dieren zijn gericht op het produceren van medicinale stoffen voor bepaalde ziekten. Dit gebeurt bij geiten en konijnen. Het oudste voorbeeld hiervan is de stier Herman van het Nederlandse bedrijf Pharming: zijn vrouwelijke nakomelingen produceerden lactoferrine in hun melk . Er leven verder ideeën om dieren zodanig genetisch te veranderen dat ze meer ziekteresistent worden. Ook is er onderzoek bij insecten, om te zien hoe ze minder snel een plaag kunnen worden. In de VS is bovendien een transgene vis te koop als aquariumdier.
Naast genetische manipulatie wordt bij dieren gebruik gemaakt van een andere techniek: het kloneren of klonen. Op die manier probeert men genetisch identieke dieren te maken (zie "Andere vormen van gentechnologie"). Ook deze techniek is omstreden. De gekloonde dieren vertonen uiteenlopende afwijkingen. Het gekloonde schaap Dolly bleek al jong aan arthritis te lijden en overleed op zesjarige leeftijd. Een gewoon schaap wordt 10 à 15 jaar oud. Intussen zijn desondanks vele diersoorten gekloneerd, onder andere met het oog op vlees- en zuivelproductie.
Het bedrijfsleven in de VS hanteert, mede op verzoek van de regering, een vrijwillig moratorium op producten van gekloonde dieren, ondanks dat de FDA deze veilig acht voor consumptie – zonder dat consumptie-onderzoek gedaan is. De EU heeft nog geen wetgeving voor het klonen van dieren voor voedsel, hoewel het Europarlement gevraagd heeft om een verbod hiervan. In Nederland is het klonen van dieren verboden, behalve met een speciale vergunning. Zowel in de VS als in Groot-Brittannië zijn echter toch al producten van gekloonde dieren en hun nakomelingen in de voedselketen terechtgekomen, zonder dat dit gecontroleerd wordt. Controle zou vereisen dat DNA-kenmerken van de gekloonde dieren vastgelegd worden, zodat de producten hierop gecontroleerd kunnen worden (zie "DNA-analyse" bij "Andere vormen van gentechnologie").
Een Amerikaans bedrijf biedt aan om huisdieren te kloneren. Voor $50.000 kan men zijn kat laten kloneren.